科技服务

基因组De novo测序，也叫从头测序，即对未知基因组序列或无近源物种基因组信息的某个物种的基因组DNA片段及其文库进行测序，然后用生物信息学方法进行拼接、组装和注释，并对其进行结构和功能研究，尽可能地获得该物种的基因组序列图谱，从而推动该物种的后续研究。真核（真菌）和原核生物（细菌）基因组结构存在较大差异，组装方式和注释数据库有所不同，将单菌全基因组测序分为细菌基因组测序和真菌基因组测序；在植物致病性真菌研究方面，可以鉴定致病真菌与农作物互作及致病的相关基因，并可用于研究与其近缘物种的进化关系，比较基因组研究等；在食用真菌和药用真菌的研究方面，可以用于发现真菌复杂的代谢途径，鉴定其对人有益的代谢产物，及物种进化关系的研究，比较基因组等；另外还可应用于生物防治真菌的研究，工业酵母菌的研究等。

技术优势

高性价比：低价获得 50× coverage的全基因组数据，及其组装结果

快速精准：摆脱传统研究方法，从碱基水平获得物种真实信息

研究内容

1、数据处理

1)  去除接头污染和低质量数据；

2)  产出数据及质控统计。

2、基因组组装及概况（GC-depth 分析，k-mer 分析，NT 库比对）

3、基因组组分分析

1)  基因成分；

2)  重复序列；

3)  真菌非编码 RNA 预测。

4、基因功能分析

1)  通用功能注释(默认 KEGG, SwissProt, GO,  可选 Nr，COG)

2)  病原真菌致病性研究

病原与宿主互作数据库（PHI）注释；

碳水化合物相关酶（CAZy）数据库注释；

细胞色素 P450 数据库注释。

3)  分泌蛋白预测。

5、 信息挖掘推荐

1)  数据注释结果的初级应用

2)  不同类型真菌基因组分析推荐

6、 比较基因组

1)  结构变异（共线性）

2)  基因家族

3)  共有基因和特有基因

4)  物种进化（基于共有基因和特有基因或基因家族构建系统发育树）

7、定制化信息分析

可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。