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样本分析

新鲜动物组织	植物	微生物	细胞	血液	唾液、羊水、脑脊液等体液	尿液	蛋白
干重≥100mg	湿重≥1g	≥200mg	≥3-5×106 细胞沉淀体积约30-50µl	血清/血浆≥500µl 全血≥5ml	≥5ml	≥50ml	≥500µg 浓度≥1µg/µl

备注：

富含杂质或蛋白含量低的样本，如植物的根茎、木质部、韧皮部组织等：干重≥5g。

植物类样本送样量同样适合于蕈类真菌，如蘑菇、木耳：湿重≥1g。

细胞样本如需进行磷酸化位点富集鉴定，细胞数目须达到：10⁷，约细胞沉淀体积100µl。

由于解冻后血细胞易破裂，细胞内蛋白溶出来会影响分析结果，因此建议不要直接送全血样本。

血液类样本：如果直接送提取蛋白，需先去除高丰度蛋白。

尿液样本：送样前1000rpm离心5min，弃去沉淀。

如果是其他特殊样本，或对样本要求有疑问，请联系我们。

 

质谱平台

Q Exactive, Thermo　　　　　　　　　　　　　　TripleTOF 5600，AB SCIEX

 

        

LTQ Orbitrap velos, Thermo

案例一：藻类生物能源的抗逆性研究

Proteomic analysis reveals resistance mechanism against biofuel hexane in Synechocystissp. PCC 6803

Biotechnol Biofuels. 2012 Sep 7;5(1):68. doi: 10.1186/1754-6834-5-68

Quantitative iTRAQ LC-MS/MS proteomics reveals metabolic responses to biofuel ethanol in cyanobacterialSynechocystis sp. PCC 6803

J Proteome Res. 2012 Nov 2;11(11):5286-300. doi: 10.1021/pr300504w. Epub 2012 Oct 23.

Quantitative proteomics reveals dynamic responses of Synechocystis sp. PCC 6803 to next-generation biofuel butanol

J Proteomics.2013 Jan 14;78:326-45. doi: 10.1016/j.jprot.2012.10.002. Epub 2012 Oct 16. 

研究内容：

烷烃类是一种生物能源，而蓝藻类生物仅仅利用太阳能和C0₂即可产生生物能源，但其对烷烃类物质的耐受力不高。本研究通过iTRAQ技术研究不同时间段，烷烃类处理和未处理的集胞藻（蓝藻类）的蛋白表达变化，有助于阐述集胞藻对烷烃类的耐受机制，从而研发第三代中性生物能源。

 

研究路线：

研究结果：

• 鉴定到1492个蛋白，其中上调和下调蛋白分别为164和77个。鉴定蛋白覆盖基因组预测到蛋白的42%。

• 分别找到了与各种处理条件相关的通路及蛋白，并阐明集胞藻耐烷烃类的机制，为进一步改造集胞藻耐受机制的工程提供理论基础。

 

案例二：脓毒症biomarkers研究

Identification of novel biomarkers for sepsis prognosis via urinary proteomic analysis using iTRAQ labeling and 2-D-LC-MS/MS

PLoS One. 2013;8(1):e54237. doi: 10.1371/journal.pone.0054237. Epub 2013 Jan 23

研究内容：

脓毒症可导致危重病人死亡，蛋白质组学的发展有助于了解重大疾病发展机理。本次研究通过iTRAQ技术研究30例脓毒症患者的尿液，寻找脓毒症早期预后的潜在biomarkers。

研究路线：

样本：取对照组（SI）、存活组（SP）和非存活组（de）病例各15例，分别采集尿液，pooled后提取蛋白。

技术：iTRAQ

研究结果：

以30例不同阶段的脓毒症患者，以及15例对照组患者的尿液为样本，通过iTRAQ技术，共鉴定到232个蛋白。

根据文中给出的"候选蛋白biomarker鉴定分析过程"，筛选出7个与早期预后相关的蛋白，5个呈现上调趋势（SELENBP-1, HSPG-2, A-1-BG, HPR, LCN），2个呈现下调趋势（LAMP-1, DPP-4）。

在biomarker验证阶段，通过western blotting方法，以54例脓毒症患者尿液为样本，对3种蛋白进行验证（SELENBP-1, LAMP-1, HSPG-2）。证明蛋白LAMP-1可作为脓毒症早期预后评估的biomarker。