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Label-free：无标签标记的定量蛋白质组学研究，依赖于繁杂的信息分析完成定量过程，主要有两种：信号强度和谱图计数法^[1]。前者根据一级质谱相关的肽段峰强度（Mass spectral peak intensity）、峰面积（Peak area）、液相色谱保留时间（LC retention time）等信息进行定量分析；后者根据二级质谱相关的每个蛋白鉴定到的肽段总次数（Peptide hide或Spectral counts）、所鉴定肽段的离子价位（Ion counts of identified peptides）等信息进行定量分析。定量原理见下图：

技术特点

无标记：克服标记样本的局限性，可研究大规模样本

数据要求高：基于高实验重复性，得到准确结果

定量方法：基于信息分析进行差异蛋白定量

数据量大：信息分析要求高

信息分析内容

数据产出统计

蛋白质鉴定结果

蛋白质定量结果

蛋白质GO分析

蛋白质COG分析

蛋白质Pathway代谢通路分析

差异蛋白GO富集分析

差异蛋白的Pathway富集分析

重复性分析（仅针对有重复设计的项目）

多样品间表达模式聚类（适用于样本数≥3的项目）

定制化信息分析

蛋白质组与转录组关联分析
参考文献

[1] Zhu W, J.W. Smith, and C.M. Huang. Mass spectrometry-based label-free quantitative proteomics.J BIOMED BIOTECHNOL. 2010; 2010: p. 840518.